2012年9月14日中午，南怀瑾突然咳嗽不止，持续的咳嗽让一直日夜陪伴照顾他的弟子们感到前所未有的压力。对于这位94岁的老人来说，长时间的咳嗽绝非小事，大家都深感忧虑。
经过反复商讨，弟子们决定建议南怀瑾住进医院接受治疗。虽然他本人最初并不愿意去医院，但看到弟子们为照顾他已耗费大量心力，他最终默默点头同意了。
当天午后，为了减轻弟子们日夜操劳的负担，南怀瑾正式住进了上海中山医院，开始接受专业的医疗照顾。
事实上，早在8月份，南怀瑾就因身体状况不佳而选择闭门休养。那时弟子们多次建议他入院检查，但他一直坚决拒绝。其原因很大程度上源于他对中医的信任，反而对西医心存怀疑。然而为了让弟子们安心，他还是勉强接受了西医的治疗。
抵达医院后，南怀瑾进行了多项检查，包括心电图、血压测量等。医生为他开了消炎、化痰和利尿的药物，他看见药方虽无多言，但服药后病情稍有好转。
弟子们看到病情有所缓解，便立即请求医生为他做了肺部CT扫描，以进一步明确病因。结果显示，肺部有真菌感染及一些阴影，需进行更深入的检查。
展开剩余90%不过，南怀瑾最终拒绝了医院提出的治疗方案，他坦言不愿意被各种管子插满全身。医生听后淡然回应：“那一切只能靠你自己了。”
南怀瑾认真写下“明白”二字，以示理解。
说到底，他此行医院不过是为了减轻弟子们的照顾压力，根本无意接受复杂的、具侵入性的治疗手段。
消息传开后，弟子们从各地纷纷赶来医院探望他。临终前，南怀瑾为弟子们写下“平凡”两字，作为他的遗墨。这两个字，透露出他对自己身体状况的清醒认知，也暗示他对生命终结的坦然接受。
9月15日，南怀瑾的次子南小舜和四子南国熙赶到上海探望。南小舜是他与原配妻子王翠凤所生，南国熙则是他在台湾与第二任妻子杨向薇所育。
就在六天前，父亲病重时，兄弟俩曾特意从外地赶来陪伴。如今他再次入院，他们不惜千里奔波，风尘仆仆的模样让南怀瑾既欣慰又心疼。
见两人满脸急切，意识到自己时日无多的南怀瑾不禁哽咽，久久凝望后缓缓开口：“孩子们，我对不起你们啊。”
这话一出，南小舜和南国熙顿时泪流满面，旁边的弟子们也忍不住感动落泪。
弟子们清楚，南怀瑾一生为公忘私，常年忙于教化，没有多少时间陪伴家人。甚至他母亲——王翠凤，生前由原配替他操劳养老，他却难得在母亲面前尽孝。南怀瑾与双亲最后一次相见是在1947年。
母亲活到1990年，享年百岁，但自1947年之后的43年中，竟未曾再见过儿子一面。
对母亲如此，对妻儿亦是如此。
1949年，南怀瑾离开大陆赴台湾时，长子南宋钏仅14岁，次子南小舜才12岁。此后很长时间内，父亲的位置在孩子们的生活中几乎空缺。
在台湾与杨向薇结婚生下四子女后，南怀瑾全身心投入中华文化复兴运动，家务多由妻子一肩承担。
长期分离，加之他始终坚持“视家人为天下人，视天下人为亲人”的理念，父子关系逐渐疏远。
他儿子们在他创办的学堂读书时，每次吃饭都需缴费，而南小舜兄弟每次来看父亲，也不能与他同住，需自费租房。
见父亲一面，甚至得像普通人一样预约，有时为接见重要宾客，父亲还会推迟与儿子的见面时间。
外人或许误解为他不爱子女，但弟子们知道，这正是南怀瑾独特的“助道”方式。多年后，南小舜才彻底明白父亲的良苦用心，他感慨：
“能与南老师结上子女缘分，是种华严因缘，本就该万缘不缠、一身轻松。这种特别的对待，是父亲的一种助道，我心存感激。”
当父亲说“我对不起你们”时，未能理解父亲用心的南小舜与南国熙泣不成声，多半是委屈的泪水。但随着时间推移，他们释怀了多年心结。
南小舜哽咽回应道：“爸，别这么说，都过去了，不要再说了。”
这些年，他俩心底始终认为，父亲与弟子们更亲近。弟子们也深知，南怀瑾对子女疏远并非无情，而是因为他深爱天下苍生。
有的人活为自己，有的人活为众生，他正是后者。这样伟大的爱，常被误解为冷漠，他一直承受着这样的误解。
南怀瑾离世多年后，南小舜才明白，父亲一生都是在慈悲布施，舍弃家庭、财产，甚至生命。
正因如此，即便身体不适，他依然坚持授课，淡然说出：“了不起，死了就算了。”
相伴南怀瑾三十余年的弟子刘雨虹最懂他晚年的“舍命”精神。她回忆：
“他九十多岁时，眼睛白内障已严重，常听我念稿，借此校对。后来病重时还曾对我说‘昨晚难受，真想一走了之’。
以他的修为，随时可以选择离开，但他没有，他让生命的火焰燃烧到最后一刻。这就是南老师的‘佛为心’，这颗心就是慈悲。”
唯有在将一切布施殆尽的最后时光，南怀瑾才吐露身为父亲的痛惜，表达对儿女的深切怜惜。鲁迅曾言：“无情未必真豪杰，怜子如何不丈夫？”南怀瑾亦是如此。
住院期间，探望者络绎不绝，他言语寡少。写下“明白”“平凡”后，便未再提笔。医院里他极少躺卧，多是端坐，有时轻轻转动脖子、腰部，似乎在确认身体的机能尚存。
每次活动后，他便盘腿坐定，进入打坐状态。
9月18日晚，他打坐整整一夜。弟子们紧守左右，生怕发生意外。然而师父安详宁静，气定神闲，仿佛一切尽在掌控。
9月19日清晨6点多，弟子们忽然听到师父体内传出一声微弱的“开关关闭”声，声音虽小，却清晰可辨。
立刻检查后发现，南怀瑾已无呼吸，脉搏几近消失。
医生赶来做心电图，结果显示几乎是一条直线，只有极微弱的波动。
医生断定无需进一步检查，医学上已判定他去世，建议开始善后。
但弟子们并不认同，他们坚信师父非凡之人，这种心电图状态极可能是他“入定”状态。虽医生不懂佛禅，但也知入定时心率极缓，呼吸接近龟息。
此外，师父瞳孔未散大，脸颊仍润泽，这让弟子和家属坚信他只是入定。
经过商议，确认死亡的南怀瑾于9月19日下午4点多，被送回太湖大学堂。
他被安置于自己卧室的床上“休息”，每日由6人轮流看护。
多日卧床，遗体无异味，皮肤无明显变色，仅显比先前消瘦些。
9月28日，南怀瑾两位学习西医的弟子从香港赶来，建议用科学仪器再次检测以确认死亡事实。
次日，他们从医院借来设备，做完详细检查后，面露痛苦告知众人：“南师身体已无法复原，确已离世。”
这一消息宣布后，弟子及家属跪于遗体前痛哭失声。
确认逝世后，弟子们依佛家仪式为他进行荼毗火化。火葬前，必须为南怀瑾盖起荼毗柴堆。
此次荼毗共用木柴约2000斤，其中一部分取自8月因台风倒塌、尚未处理的巨大银杏树，原本栽种于南怀瑾房间窗外。
荼毗仪式于9月30日庄重举行，火化持续三天三夜，之后还需冷却两天两夜，方可“开炉”。
10月5日开炉当天，弟子们发现遗骨中：
“头骨完整度约90%，且多处呈现金色光泽，舌头及舌根完整无缺，形成透明的‘莲花舌头舍利’。”
火化炉中还收集了上百颗舍利子，形态各异，色泽圆润。
这些舍利子随后被送往四川成都文殊院，计划举行法会以示纪念。
对于虔诚信佛的人而言，这些迹象令人欢喜。但对普通人来说，连续三天三夜火化后舌头完整，且火化出大量舍利子，难免觉得离奇。
不仅外人质疑，连部分弟子也难以完全接受这般奇迹。
“事出反常必有争议”，南怀瑾之死一直伴随着众多质疑。
第一，医院的诊断为主流观点，认为弟子和所谓“秘书帮”坚称他只是入定，实为控制遗体，图谋不轨。
第二，质疑遗体“无异样”说法，怀疑高温天气下遗体应出现变化，只是他们拒绝承认。
第三，不信佛教舍利子存在者质疑舌头完整及舍利子的真实性。
南怀瑾的一生和他的去世一样，充满争议。这位著述丰厚的大师，生前死后都有赞有弹。
有人骂他是骗子，虚有其名，道貌岸然，如李敖所言；也有人尊敬他为道德楷模和精神导师。
南怀瑾曾在九十多岁时自我评价：
“我活到九十岁了，一生八个字：‘一无所成，一无是处’，还国学大师呢！那个‘大’字上面多一笔，就是‘犬’师，差不多！我反对这个过誉的称呼。”
他还补充：
“我的一生，一无所长，一无是处。没有一样是对的。”
这份自谦与他临终遗墨“平凡”二字相呼应。
最后，附上南怀瑾与弟子们闲谈时共同创作的一副楹联（21副之一）：
“回首依依，酒绿灯红，歌舞繁华，大梦场中谁识我；
到此歇歇，风清月白，梵呗空灵，高峰顶上唤迷徒。”
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